La aplicación acepta tres formatos de ficheros: "*.xyz", "*.mol", "*.mld". Sólo el formato *.xyz" es estándar.
Es un fichero de texto. Su composición es:
Frames.
Número_de_átomos
Número_atómico_1 Posición_X Posición_Y Posicion_Z
Número_atómico_2 Posición_X Posición_Y Posicion_Z
...
Frames: Es un valor entero positivo.
Número_de_atomos: El número de átomos que compone la molécula. Entero positivo.
Número_atómico: Número atómico de la tabla periódica del elemento. Entero positivo.
Posicion_X: Posición en coordenadas cartesianas del átomo en el eje X. Número real.
Posición_Y: Posición en coordenadas cartesianas del átomo en el eje Y. Número real.
Posición_Z: Posición en coordenadas cartesianas del átomo en el eje Z. Número real.
Ejemplo: Molécula de agua (H2O):
5
3
8 0.0 0.0 0.0
1 0.60 0.77 0.0
1 0.60 -0.77 0.0
Los valores de Posición_X, Posición_Y, Posición_Z se expresan en Angstroms.
La desventaja de este formato es que no dice los enlaces que existen en la molécula.
Es un fichero de texto. Es una ampliación del formato *.xyz. En este formato añadimos información referente a los enlaces existentes en la molécula. No es un formato estándar.
Frames.
Número_de_átomos
Número_atómico_1 Posición_X Posición_Y Posicion_Z (1)
Número_atómico_2 Posición_X Posición_Y Posicion_Z (2)
...
Número_de_enlaces
Átomo-i-esimo Átomo-j-esimo
Átomo-k-esimo Átomo-l-esimo
...
Frames: Es un valor entero positivo.
Número_de_atomos: El número de átomos que compone la molécula. Entero positivo.
Número_atómico: Número atómico de la tabla periódica del elemento. Entero positivo.
Posicion_X: Posición en coordenadas cartesianas del átomo en el eje X. Número real.
Posición_Y: Posición en coordenadas cartesianas del átomo en el eje Y. Número real.
Posición_Z: Posición en coordenadas cartesianas del átomo en el eje Z. Número real.
Número_de_enlaces: El número de enlaces que existen en la molécula. Entero positivo.
Átomo-i-esimo: Indicamos que átomo de los anteriores mencionados (del 1 a n) forma la primera parte del enlace actual.
Átomo-j-esimo: Indicamos que átomo de los anteriores mencionados (del 1 a n) forma la segunda parte del enlace actual.
En este formato hacemos la suposición que un enlace lo comparten dos átomos, pero un átomo puede formar parte de más de un enlace, o también de ningún enlace.
Ejemplo: Molécula de agua (H2O):
3
8 0.0 0.0 0.0
1 0.60 0.77 0.0
1 0.60 -0.77 0.0
2
1 2
1 3
Es un fichero de texto. Es una variante del formato *.mol. En este formato también añadimos información referente a los enlaces existentes en la molécula. No es un formato estándar.
"Nombre_de_la_molécula"
Número_de_átomos
Posición_X , Posición_Y , Posicion_Z , Número_atómico_1 (1)
Posición_X , Posición_Y , Posicion_Z , Número_atómico_2 (2)
...
Número_de_enlaces
Átomo-i-esimo , Átomo-j-esimo
Átomo-k-esimo , Átomo-l-esimo
...
Nombre_de_la_molécula: Es un string y va entre comillas
Número_de_atomos: El número de átomos que compone la molécula. Entero positivo.
Posicion_X: Posición en coordenadas cartesianas del átomo en el eje X. Número real.
Posición_Y: Posición en coordenadas cartesianas del átomo en el eje Y. Número real.
Posición_Z: Posición en coordenadas cartesianas del átomo en el eje Z. Número real.
Número_atómico: Número atómico de la tabla periódica del elemento. Entero positivo.
Número_de_enlaces: El número de enlaces que existen en la molécula. Entero positivo.
Átomo-i-esimo: Indicamos que átomo de los anteriores mencionados (del 1 a n) forma la primera parte del enlace actual.
Átomo-j-esimo: Indicamos que átomo de los anteriores mencionados (del 1 a n) forma la segunda parte del enlace actual.
En este formato hacemos la suposición que un enlace lo comparten dos átomos, pero un átomo puede formar parte de más de un enlace, o también de ningún enlace.
Ejemplo: Molécula de agua (H2O):
"Agua H20"
0.0,0.0,0.0,8
0.60,0.77,0.0,1
0.60,-0.77,0.0,1
2
1,2
1,3